In 1980 werd de internationale katholieke NGO Jesuit Refugee Service in Rome gesticht door Pedro Arrupe, toen algemeen overste van de jezuïeten. Naar aanleiding van het toenemende aantal vluchtelingen in België werd in 2001 op aanvraag van de toenmalige oversten van de Vlaamse en de Zuid-Belgische jezuïetenprovincies overgegaan tot de oprichting van de tweetalige Belgische afdeling van JRS-International: Jesuit Refugee Service Belgium. Het bureau werd gevestigd in Brussel en telde aanvankelijk drie personen, waarvan twee jezuïeten. Daarnaast rust JRS-Belgium op een netwerk van vrijwilligers, waaronder jezuïeten, in Brugge, Antwerpen, Leuven en Luik.

Van in het begin was het duidelijk dat de activiteiten van JRS-Belgium zich vooral zouden concentreren in en rond de gesloten centra voor vreemdelingen in België. JRS-Belgium is in de geest van JRS-International namelijk op zoek gegaan naar die terreinen die in de vergeethoek geraakten, maar waar de noden het grootst waren. De gesloten centra zijn een goed voorbeeld van zulke vergeethoeken en zijn voor JRS-Belgium altijd een prioriteit geweest. Ook het ondersteunen van de niet-begeleide minderjarigen, advocacy, sensibilisering en de samenwerking met andere NGO’s vormden belangrijke programmapunten.

Vandaag bestaat het team uit drie medewerkers en een netwerk van vrijwilligers die nog steeds vooral actief zijn in de gesloten centra. De samenwerking van leken en religieuzen binnen de organisatie zorgt ervoor dat de noden van de vluchtelingen op verschillende gebieden kunnen worden ingelost.

Op 4 december 2007 werd JRS-Belgium omgevormd tot een v.z.w. De statuten kunt u vinden in het Belgisch Staatsblad.